Тянь-Шань и Джунгарский Алатау считаются важными ареалами биоразнообразия в Центральной Азии по нескольким причинам:

• Разнообразие экосистем. 2 Наибольшим разнообразием отличаются смешанные леса и луга на высотах от 1000 до 3000 метров над уровнем моря. 2 Некоторые горы достигают высоты 7000 метров и покрыты ледниками. 2
• Наличие эндемичных видов. 4 В регионе обитают 53 эндемичных вида млекопитающих, птиц, рептилий, земноводных и пресноводных рыб, которые не встречаются больше нигде в мире. 4
• Сохранение диких предков культурных растений. 1 В очаге биоразнообразия сохранились дикие предки абрикоса, сливы, вишни, яблока, груши, алычи, винограда, фисташки, миндаля, грецкого ореха и граната. 1
• Присутствие редких видов. 3 В Джунгарском Алатау встречаются такие редкие животные и птицы, как бородач-ягнятник, чёрный аист, снежный барс, каменная куница, центрально-азиатская рысь, манул, среднеазиатская выдра. 3
• Обитание эндемика Центральной Азии — птицы серпоклюва. 3 Она гнездится только в Джунгарском Алатау, на северных и центральных склонах Тянь-Шаня. 3