Тувинский бобр находится под угрозой исчезновения по нескольким причинам:

• Ограниченность мест обитания. 13 Коренная популяция тувинских бобров обитает только на реке Азас, в её нижнем и среднем течении. 3
• Неблагоприятные экологические условия. 1 Скудные корма, неблагоприятный гидрологический режим, погодно-климатические и почвенные условия (местами вечная мерзлота), а также рельеф сужают экологическую нишу. 1
• Высокая уязвимость к антропогенному прессу. 1 Тувинские бобры подвержены браконьерству и рекреации. 1
• Гибель от хищников. 12 К основным природным врагам относятся волк, медведь и таймень. 2
• Разрушение жилищ. 2 Детёныши могут гибнуть во время разрушения жилищ после сильных паводков. 2
• Погибель расселяющихся особей. 2 В зимнее время от наледей погибают расселяющиеся (обычно — молодые) бобры, создающие новые поселения на небольших быстрых ручьях. 2

Кроме того, возрастает опасность утраты генетической чистоты тувинских бобров из-за их смешения с более крупными и агрессивными европейскими бобрами. 5

Тувинский бобр занесён в Красную книгу РФ как находящийся под угрозой исчезновения вид. 2