Таймень считается уязвимым видом лососёвых рыб из-за сокращения численности и уменьшения среднего размера популяций. 15

Некоторые причины:

• Потеря нерестилищ из-за хозяйственной деятельности человека, особенно в России. 1
• Перелов — как легальный, так и нелегальный. 2 Особенно уязвим таймень на нересте. 3
• Загрязнение водных ресурсов, сооружение искусственных преград (плотин, дорог), добыча природных ископаемых, попадание в водоёмы удобрений. 2
• Изменение формулы воды в результате глобального потепления. 2

Сибирский таймень занесён в Красную книгу России и находится под особой защитой во многих регионах. 24