Шиханы Торатау считаются уникальными геологическими объектами по нескольким причинам:

• Формирование началось около трёхсот миллионов лет назад, когда на территории современного Башкортостана было море. 1 Палеорифы формировали различные организмы: бактерии, одноклеточные водоросли, фораминиферы, мшанки, брахиоподы, кораллы и другие. 1
• Порядка пяти миллионов лет назад в результате тектонических движений земли шиханы выдвинуло на земную поверхность. 1 На других территориях рифы плохо обнажены или закрыты более молодыми отложениями, поэтому геологи в Башкирии могут изучать рифовые постройки в деталях. 3
• Шиханы — это одно из немногих мест в мире, где на поверхности сохранились следы древней морской фауны нижнепермского периода (окаменелые кораллы, мшанки, губки, водоросли и т. д.). 3