Нижняя Тунгуска считается одной из самых маловодных рек в России в зимнее время, так как её бассейн расположен в области вечной мерзлоты и она получает очень скудное грунтовое питание. 5

Питание Нижней Тунгуски преимущественно снеговое, лишь небольшую часть дают летние дожди. 1 Поэтому в течение года расход воды сильно варьируется: самый большой приходится на июнь, когда завершается весеннее половодье, а самый скудный — зимой, он может составлять всего лишь 27,8 м³/с. 1

В мае-июне в Восточной Сибири сходит снег и идут дожди, что вызывает мощное, но довольно короткое половодье. 1

По годовому стоку Нижняя Тунгуска занимает одиннадцатое место среди рек России. 5