Глубина Байкала неравномерна из-за неоднородности дна озера. 1 Рифтовая зона Байкала появилась из серии мелких разломов. 1 В результате дно имеет как мелководные участки, так и значительные глубоководные. 1

Озеро состоит из трёх глубоких впадин — котловин: Южной, Средней и Северной. 2 Самая глубокая котловина — Средняя. 2 Здесь, напротив острова Ольхон, в 10 км к юго-востоку от мыса Ижимей отмечена максимальная глубина Байкала — 1637 м. 2 Южная котловина немного мельче, её глубочайшая точка — 1430 м. 2 Наиболее мелководная — Северная котловина, её максимальная глубина — 920 м. 2

Также неравномерность рельефа дна связана с донными отложениями, которые создают неоднородный слой на дне озера. 1 В Южной и Центральной котловинах озера толщина отложений составляет 7–8 км, к восточному берегу мощность отложений уменьшается до 2 км. 1 В Северной котловине перепады наиболее существенны — от нескольких сотен метров до 3–4 км. 1