Антропогенный фактор оказывает серьёзное воздействие на экологию в бассейне реки Лены. 24

Некоторые негативные факторы:

• Сброс загрязнённых вод. 2 Промышленные предприятия по добыче природных ископаемых, жилищно-коммунальной и сельскохозяйственной отрасли сбрасывают в поверхностные воды Лены загрязняющие вещества. 2 Из-за неудовлетворительного состояния очистного оборудования большая часть объёма сточных вод попадает в воду без предварительной очистки. 2
• Захоронение пестицидов. 2 В среднем и нижнем течении Лены экологический риск реки сопряжён с захоронением пестицидов, выполненных во времена существования совхозов. 2
• Загрязнение нефтепродуктами. 2 Из-за большого количества судов, перевозящих в Северный Ледовитый океан сырую нефть, существует опасность загрязнения реки нефтепродуктами. 2
• Аварийные разливы нефти. 4 Опасность представляют аварийные разливы нефти на трассе нефтепровода от Восточной Сибири к Тихому океану (ВСТО). 24

Кроме того, на экологию реки оказывают влияние экстремальные условия климата, а также участки с повышенной концентрацией тяжёлых металлов в почве и растительном покрове. 4