Впадина Конго имеет значительное значение для экологического разнообразия Африки. 13

Во впадине Конго находится один из самых больших в мире по площади массивов коренных влажных вечнозелёных экваториальных лесов. 1 По северной и южной периферии расположены листопадно-вечнозелёные леса. 1

Речная система, изолируя низменность от северных, восточных и западных территорий, служит естественным барьером для многих видов. 2 Например, здесь находится значительное стадо лесного слона и основная популяция западной гориллы. 2

Для сохранения биоразнообразия в регионе действуют, например, национальный парк Салонга, включённый в список Всемирного наследия, и биосферный резерват Янгамби. 1