Некоторые уникальные виды животных, которые обитают в Катунском заповеднике:

• Хищные: бурый медведь, рысь, волк, росомаха, лисица, снежный барс (ирбис). 1
• Копытные: косуля, лось, марал, кабарга. 1 В высокогорьях встречается сибирский горный козел. 1
• Пушные: белка, соболь, норка, горностай, колонок, солонгой. 1
• Птицы: беркут, чёрный гриф, скопа, чёрный аист, могильник, степная пустельга, серый журавль, красавка и горный дупель. 1
• Пресмыкающиеся: два вида змей — щитомордник и обыкновенная гадюка — и один вид ящерицы — живородящая. 1

Также в заповеднике обитают речная выдра, которая встречается вдоль берегов Катуни ниже устья реки Зайчихи. 4