Некоторые уникальные виды животных, которые обитают в Катунском заповеднике:
- Хищные: бурый медведь, рысь, волк, росомаха, лисица, снежный барс (ирбис). gotoaltay.ru
- Копытные: косуля, лось, марал, кабарга. gotoaltay.ru В высокогорьях встречается сибирский горный козел. gotoaltay.ru
- Пушные: белка, соболь, норка, горностай, колонок, солонгой. gotoaltay.ru
- Птицы: беркут, чёрный гриф, скопа, чёрный аист, могильник, степная пустельга, серый журавль, красавка и горный дупель. gotoaltay.ru
- Пресмыкающиеся: два вида змей — щитомордник и обыкновенная гадюка — и один вид ящерицы — живородящая. gotoaltay.ru
Также в заповеднике обитают речная выдра, которая встречается вдоль берегов Катуни ниже устья реки Зайчихи. fenolog.rgo.ru