Некоторые редкие виды животных, которые обитают в национальном парке «Башкирия»:
- Прудовая и травяная лягушки. 2 Занесены в Красную книгу Республики Башкортостан. 2
- Болотная черепаха. 23 До строительства Юмагузинской плотины обитала в старицах близ деревень Нижнебиккузино и Сыртланово. 1
- Веретеница ломкая. 2 В лесной зоне парка обычна, чаще всего встречается именно этот вид. 2
- Серый уж (медянка). 1 В 2010 году взрослая самка была поймана близ реки Нугуш ниже плотины. 1
- Узорчатый полоз. 12 Требуется уточнение присутствия вида. 1
- Водяной уж. 12 Также требуется уточнение присутствия этого вида. 1
Всего на территории парка обитает 86 видов животных, занесённых в Красные книги. 1 Из них 78 видов занесены в Красную книгу Республики Башкортостан, 39 — в Красную книгу РФ и 14 видов — в Красную книгу МСОП. 1