Некоторые редкие виды животных, которые обитают на территории Костомукшского заповедника:

• Лесной северный олень. 15 Это редкий и очень осторожный вид, встретить его на территории заповедника вряд ли удастся. 1
• Росомаха. 13 Численность этого хищника в заповеднике снижается. 3
• Орлан-белохвост, скопа, беркут и сапсан. 3 Эти птицы занесены в Красную книгу. 3

Также к менее распространённым животным заповедника относятся енотовидная собака, барсук, тёмный хорь, ондатра, европейская норка, канадский бобр и белка-летяга (она занесена в Красную книгу). 2