Некоторые редкие и исчезающие виды рыб, которые обитают в Тоболе:

• Нельма. 15 Рыба семейства лососёвых, которая редко заходит в реки Исеть и Тобол (встречается ниже по течению от Курганского водохранилища). 5
• Сибирский голец. 1 Зарегистрирован на реках Суерь, Утяк, Миасс, на небольших притоках реки Исеть. 1
• Сибирская щиповка. 1 Отмечена на реке Суерь Варгашинского района, реках Кизак и Манай в Мокроусовском районе. 1

Эти виды занесены в Красную книгу Курганской области как исчезающие, редкие и неизученные. 1