Некоторые природные особенности, которые отличают реку Юкон от других рек северо-американского континента:

• Большая часть бассейна находится в субарктическом поясе. 12 По сравнению с реками сходных размеров в более тёплых регионах ихтиофауна Юкона, растительность и животный мир по его берегам менее разнообразны. 1
• Питание реки преимущественно снеговое. 45 Реку питают в основном талые воды с окружающих горных цепей. 1
• Глубина русла увеличивается от 4,5 м в верховьях до 12 м в среднем течении и до 21 м — в нижнем. 15 Ширина реки в истоках — 100–150 м, в низовье — 1000–2200 м. 5
• При впадении в залив Нортон река формирует многорукавную дельту длиной 95 км и площадью около 5 тыс. км². 5