Некоторые особенности климата Маркакольского заповедника, которые делают его уникальным природным объектом:

• Расположение на стыке трёх климатических поясов. 1 Местность находится под влиянием умеренного климата со среднеазиатского края, резко континентального с Монголии и континентального с Западной Сибири. 1 Это создаёт одновременно уникальную природу и суровые погодные условия. 1
• Короткое лето. 12 Летний сезон длится всего 2–2,5 месяца. 1
• Суровая зима. 15 Температура зимой может опускаться до –55 °C (зарегистрированный абсолютный минимум). 1
• Много осадков. 1 За весь год выпадает до 730 мм осадков, в большей степени это снег, чем дождь. 1
• Влажный и прохладный воздух. 1 Даже летом могут случаться заморозки. 1
• Частые сильные ветра, в основном северные. 1 Они продувают водную гладь и делают заплывы на лодках опасными. 1
• Образование инверсионных туманов. 3 В зимнее время периодичностью в 5–10 суток развиваются туманы охлаждения, иногда они держатся по нескольку дней, заполняя всю котловину. 3