Некоторые меры, которые предпринимаются для охраны реки Томь от загрязнения:

• Экологический мониторинг. 5 Постоянный контроль за качеством воды, биоразнообразием и состоянием береговой линии. 5
• Установка современных очистных сооружений. 35 Высокоэффективные технологии очистки сточных вод внедряются на всех предприятиях. 5
• Сокращение сброса загрязнённых сточных вод. 1
• Очистка русла и дноуглубительные работы. 1
• Берегоукрепительные работы. 1
• Ремонт, реконструкция или строительство подпорных сооружений и водопропускных труб. 1
• Водоохранные мероприятия в прибрежной зоне: противоэрозионные, противооползневые мероприятия и сооружения. 1
• Водоохранное озеленение и благоустройство. 1

Также в больших городах регулярно проводятся экологические дни и субботники, в ходе которых граждане очищают берега реки от мусора. 2