Некоторые экологические проблемы, которые возникают вокруг озера Ньяса:

• Чрезмерный вылов рыбы. 23 Этому способствует демографический взрыв в Малави за последние десятилетия. 2 Наибольший урон экосистеме наносят отдельные рыбаки, вылавливающие рыбу возле берега, то есть в таких местах, где она нерестится. 3
• Усиление сельскохозяйственной активности. 23 Это приводит к эрозии почв, которые дождями и реками смываются в озеро. 2 В результате вода замутняется, уменьшается количество солнечных лучей, достигающих дна, упадок озёрной растительности и сокращение объёмов фитопланктона — пищевой базы всей озёрной живности. 2
• Снижение уровня воды. 1 Это негативно влияет на климат всей области, окружающей водоём: фиксируется постепенное повышение температуры в регионах, прилегающих к озеру Ньяса. 1