Убрать пустые прямоугольники, чтобы табло выглядело больше, в Яндекс Браузере нельзя. 1 Они указывают на то, что можно добавить ещё сайты. 1
Чтобы сделать виджеты крупнее, можно уменьшить количество сайтов на табло: чем меньше виджетов, тем крупнее каждый элемент. 2