Из-за климатических изменений экосистема реки Юкон может меняться, например, следующим образом:

• Изменение направления течения. 3 Быстрое отступление и истончение ледников, ускоренное глобальным потеплением, приводит к перенаправлению воды на юг, в Тихий океан. 3
• Увеличение количества осадков. 4 Это может вызвать частые наводнения. 4
• Продолжительная летняя жара. 4 Она провоцируется повышением средней температуры в году, что может привести к опустошительным лесным пожарам. 4
• Расширение ареала эндемичных растений. 4
• Сокращение количества мигрирующего лосося в реках. 4
• Увеличение концентрации ртути. 1 Это связано с таянием вечной мерзлоты, так как ртуть может накапливаться в живых организмах, в частности, в рыбе. 1

Кроме того, из-за глобальных климатических изменений речной лёд вскрывается раньше по весне, что приводит к ледяным заторам и наводнениям, особенно в районе Доусона. 5