Гидробионты помогают очищать воду в естественных водоёмах следующим образом:

• Микроорганизмы и бактерии окисляют органические загрязнения. 2 Они расщепляют сложные органические соединения до простых минеральных и делают их доступными для питания автотрофных организмов. 1
• Простейшие поглощают из водоёмов коллоиды, взвеси и микробов, в том числе патогенных. 1 Одна инфузория за 1 час переваривает до 30 000 микробов. 1
• Бактериофаги вызывают лизис (растворение) гомологичных бактерий и способствуют очищению водоёмов от патогенных микробов. 1
• Фильтраторы и седиментаторы способствуют осветлению воды, удаляя из неё взвесь, включая водоросли и бактерии. 1 К фильтраторам относятся многие ракообразные, моллюски, личинки комаров, многощетинковые черви. 1
• Рыбы поедают водоросли и растительность, чем стабилизируют экосистему водных бассейнов. 4
• Высшие водные растения (тростник, камыш, рогоз, рдест, сусак и др.) поглощают значительное количество биогенных элементов, снижают уровень эвтрофикации водоёмов, усваивают и перерабатывают различные вещества, насыщают воду кислородом. 5