Географическое положение Кызыла сказывается на климате и природе города следующим образом:

Климат: город приравнен к районам Крайнего Севера, климат сухой резко континентальный. 15 Нахождение в котловине влияет на то, что зимой воздух застаивается и выхолаживается под влиянием Сибирского антициклона, образуя мощную температурную инверсию. 1 Зима (ноябрь-март) суровая, малоснежная (10–20 см), безветренная. 1 Средняя температура января — −28,7 °C (абсолютный минимум до −54 °C). 1

Природа: в радиусе 150 км город окружён солёными и грязевыми озёрами, минеральными и радоновыми источниками, археологическими памятниками, насчитывающими более 2,5 тыс. лет. 2