Некоторые основные модификации ВАЗ-2109, производившиеся за время выпуска модели:

• ВАЗ-21091. 1 Автомобиль с кузовом ВАЗ-2109 и двигателем ВАЗ-21081 рабочим объёмом 1,1 л и мощностью 39,9 кВт (54 л. с.). 1
• ВАЗ-21093-02. 1 Отличается от ВАЗ-21093 передаточным числом главной передачи (3,7) и наличием бортовой системы контроля. 1
• ВАЗ-21093-03. 1 Отличается от ВАЗ-21093 передаточным числом главной передачи (3,7), наличием бортовой системы контроля, маршрутного компьютера и микропроцессорной системы зажигания. 1
• Lada Samara «Hanseat». 2 Обновлённая версия ВАЗ-2109, появившаяся в 1990 году. 2 Модернизация коснулась кузова: в связи с унификацией с седаном ВАЗ-21099 автомобиль получил «длинное» крыло, а также изменения некоторых деталей передка и радиатора. 2