Некоторые отличия коробок передач Toyota RAV4 III поколения от предыдущих:

• МКПП: до рестайлинга устанавливалась пятиступенчатая механика серии E352F, после рестайлинга её сменила шестиступенчатая ЕВ61. 5
• АКПП: на дорестайлинговых RAV4 с моторами AZ-серии устанавливалась четырёхступенчатая АКПП U241. 1 С 3,5-литровым V6 — 5-ступенчатая трансмиссия U250E, созданная на основе U241. 1
• Вариатор: с двухлитровым двигателем после рестайлинга появился вариатор Aisin K111F, который Toyota именует Multidrive S. 5

Также на RAV4 с мотором 2.4 устанавливался четырёхступенчатый «автомат» Aisin U241Е, который отличался надёжностью и имел ресурс свыше 400 тыс. км. 2